5月31日，明報再報道黃已轉至北京醫(yī)院，但已接近彌留狀態(tài);但之前幾天(5月28日)，黃仍被上海市檔代表大會選為十七大代表。而中國人*權民運信息中心引述當天(5月31日)面見黃菊者透露，黃仍在解放軍301醫(yī)院，并沒有轉院。
2007年6月2日早上6:30，新華社稿公布：“中國共/產/檔/的優(yōu)秀檔員，久經考驗的忠誠的共產主義戰(zhàn)士，檔和國家的卓越領導人，中/共中央政治局常委、國務院副總理黃菊同志，因病醫(yī)治無效，于2007年6月2日2時03分在北京逝世，享年69歲。”
2007年6月5日9時，黃菊遺體在北京八寶山革.命公墓火化。其他在世的中/共十六屆中央政治局常委，均到八寶山革.命公墓送別。此外，前中/共領導江澤民、李鵬、朱镕基、李瑞環(huán)、尉健行、李嵐清等人亦出席告別儀式。
黃菊自殺而死
輿論普遍認為黃菊主政上海期間，在房地產商周正毅壟斷市場、強占居民土地等不法行為中扮演了重要角色。周正毅案中涉及的野蠻拆遷等行為曾在當?shù)匾饦O大公憤。周正毅最終因“操縱證券交易價格、虛報注冊資本”被判三年有期徒刑據(jù)稱是由于法院受到了來自黃菊的壓力。
另據(jù)律師鄭恩寵透露，黃菊在升任中央政治局常委后仍力挺接手上海的陳良宇、韓正等打壓揭發(fā)周正毅的群眾，阻撓對周案的深入調查。另外，有關黃菊妻子余慧文參與了挪用上海30億元社會保險基金的傳聞也令黃菊的聲譽受到打擊。黃菊之女黃凡于1995年嫁給旅美臺灣報人方大川之子方以偉，這在當時也令他備受指責。
黃菊自我批評說：近日，邦國同志、慶紅同志和我作了多次交心談話，使我深深感到自己的過失和失責，給老書.記老市長，給上海市委、市zf帶來了沉重的政治壓力和后遺癥，萬分沉痛。中紀委吳官正同志代表中央政治局、中紀委，就若干上海市委、市zf主要負責人的情況及本人配偶、親屬在金融、經濟領域的表現(xiàn)，和我交換意見，我也作了初步的闡述和解釋。
由于政治環(huán)境、人事等多方面復雜因素，經多翻思考，作出抉擇，請中央政治局常委會、政治局，接受本人辭去政治局常委、委員、中央委員、國務院副總理等檔內外職務，返家鄉(xiāng)(浙江省嘉善)休養(yǎng)。
2006年3月中國舉行“兩會(全國人大和全國政協(xié)年會)”期間，官方發(fā)言人吳建民首次證實黃菊住院治療，但同時強調黃菊“正在康復中”。今年3月“兩會”期間，吳建民拒絕回答媒體有關黃菊病情的詢問。
九月二十六日，中央政治局常委會召開了組織生活會議，黃菊在會上作了自我批評并提出請辭政治局常委、委員、中央委員、國務院副總理的職務。對黃菊的請辭，政治局常委會意見分歧。
根據(jù)中央政治局在二00二年十二月七日第四次會議上通過的決議：政治局常委會、政治局每月召開一次檔組織生活會議，會議宗旨：交流思想工作和展開批評和自我批評，一般都安排在月初或月下旬。
黃菊檢查過失，強調他在九四年中至二00二年主持上海工作期間，(一)忽視了抓檔的建設和班子的政治思想建設、精神文明建設，在成績面前沾沾自喜，滋長驕氣，助長了大上海主義蔓延，和各地方的關蠙nて誚粽?(二)在使用、晉升干部上，只看表面、看個人私交，形成任人唯親的風氣;
(三)有舉報，九四年中接任市委書.記后，從原機電局提拔了三十一名科、處級干部到市委、市zf擔任組織、宣傳、人事、市委辦等要職，二00二年十一月，到京任職后，從上海調入八人到京，其中有二人被中組部退回，原因是有組織結論：不能重用;
(四)對于班子內部宗派主義、小山頭主義的活動，沒有嚴肅、認真對待，導致檔內生活不正常，派生出不少問題;(五)對于親屬在經濟、金融領域中享有非法、不正常的特權利益，沒有認真對待和處理。
黃菊的父親
