南派共濟會大師孫傳庭的戰(zhàn)死，讓共濟會震驚的發(fā)現(xiàn)自己手中已經(jīng)失去了最后一支可以依仗的軍事力量，只剩下輿論力量的南派共濟會在此后的歷史中驚人的軟弱無力，他們無奈的面對了京城的陷落和宏光的登基。南派共濟會大師史可法無奈的選擇在揚州殉國。而他們的政策也僅限于向羅馬和國際共濟會要求援助，但卻遭到日本共濟會的阻撓。

　　這一時期的一個重要事件是北派共濟會理事冒起宗的兒子冒襄在南京參加了南派共濟會，這一事實向南方共濟會揭示了北派共濟會的存在和萬歷以來的種種陰謀。這導(dǎo)致了南北兩大共濟會組織的彼此認識，和全面開戰(zhàn)。

　　日本共濟會堅定的捍衛(wèi)著幕府的海禁政策，從而對遠東貿(mào)易采取釜底抽薪的策略，從而一再的阻撓國際共濟會對遠東問題的關(guān)注和對明的援助。而北方共濟會則全面倒向清，從而在南北斗爭中取得了壓倒性優(yōu)勢。南方共濟會大師張蒼水的被殺標志著南方共濟會走向崩潰和瓦解，鄭成功作為南方共濟會的成員卻秘密投降北派，讓南方共濟會和教皇皆無計可施。此時抗清運動已經(jīng)失去基礎(chǔ)變成了南方共濟會煽動下的小規(guī)模事件，羅馬教廷因此而決定拋棄南方共濟會，重建大都總主教區(qū)，與北方共濟會全面恢復(fù)合作。但是這一政策遭到了耶穌會里同情南派共濟會的高級教士的阻撓。

　　他們采取的驚人的“粗暴政策”導(dǎo)致了雍正對基督教的禁絕，同時也間接的導(dǎo)致南北方共濟會全都被迫轉(zhuǎn)入地下。北方共濟會的理事會成員曹雪芹用他的小說敘述了南北兩大共濟會組織的興衰。并抒發(fā)了他的憤懣。與南派共濟會成員孔尚任哀嘆南方共濟會和明的命運的《桃花扇》相映成趣。

　　此后南方共濟會長期處在群龍無首的混亂狀態(tài)，熱衷于組織反清起義或者秘密會社，而北派則以滲透清zf和士大夫恢復(fù)獨立的合法的教會為目標。

　　南派共濟會的中興大師是林則徐，他是第一個站出來跟清庭合作的南派大師，也是第一個準備拋棄抗清政策和對耶穌會依賴政策的南派大師，但是他激進的政策觸怒了他的理事會，于是絕大部分理事會成員倒向堅持抗清政策的洪秀全，在金田起義之后林則徐剛剛出面鎮(zhèn)壓洪秀全，洪秀全的支持者就大批逃走暴露了共濟會內(nèi)部的分裂和無力，而林則徐之被毒死才給洪秀全成為無爭議的大師掃清道路。

　　之后的南派大師從洪秀全到孫中山，到m延續(xù)了一條不斷攀升的路線，但是當南派共濟會要求

　　m放棄對蘇聯(lián)的依賴政策，轉(zhuǎn)而繼續(xù)依賴歐洲的時候，m和一貫敵視歐洲的北派共濟會建立了聯(lián)系。他雖然順從的切斷了跟蘇聯(lián)的關(guān)系，但斷然的發(fā)動了文革，希望蕩平南派共濟會的力量，依靠北派共濟會的支持實現(xiàn)獨立自主的理想。

　　南派共濟會轉(zhuǎn)而支持新大師D。歷史翻開了新的一頁，南派再次取得壓倒性優(yōu)勢，志得意滿的南派共濟會在本世紀初選擇了一個網(wǎng)絡(luò)寫手為他們的新大師并以南派三叔的ID走紅中國網(wǎng)絡(luò)，以此炫耀他們的勝利，但是北派共濟會則以讓南派三叔成為太監(jiān)三叔的方式回答了南派的挑戰(zhàn)。并準備再次發(fā)動WG