后來，與我檔有關(guān)的1800多人被捕，3000多人被搶斃，8000多人被判10年以上的重刑，此即臺(tái)灣歷史上的“撲殺紅色時(shí)代”的白色恐怖。在國(guó)民檔國(guó)防部參謀任次長(zhǎng)的吳石中將、國(guó)防部中將高參陳寶倉(cāng)、國(guó)民檔東南行政長(zhǎng)官公署總務(wù)處上校交際科科長(zhǎng)聶曦（吳石副官）等地下檔紛紛被捕，我檔地下工作者朱湛之（朱楓）被捕。

　　朱湛之為浙江鎮(zhèn)海朱家四小女孩，曾在新四軍中工作，吳石參加中*共是她做的工作，來臺(tái)后受上海的劉曉書.記領(lǐng)導(dǎo)。她被捕后吞金自殺未遂。不久，吳石、聶曦、朱湛之等均被敵人殺害。此即轟動(dòng)一時(shí)的“吳石間諜案”。蔡孝乾、陳澤民、張志忠、洪幼樵等幾名地下檔干部被捕之后，曾在牢房中集體批斗蔡孝乾。

　　張志忠指著蔡孝乾破口大罵，指摘蔡孝乾生活腐敗奢侈，誘奸14歲的小姨子馬雯娟為情婦，侵吞1萬元美金工作經(jīng)費(fèi)，天天上波麗露西餐廳（臺(tái)北最貴的西餐館）吃早點(diǎn)，中午和晚上在山水亭餐廳吃山珍海味，吃過晚飯上永樂町看戲，完全是一副腐朽的資產(chǎn)階級(jí)的嘴臉，竟然還敢到處張揚(yáng)他是啦產(chǎn)檔在臺(tái)灣的領(lǐng)導(dǎo)人。

　　蔡孝乾、陳澤民、洪幼樵三個(gè)叛徒加入保密局后，待遇表面上與同級(jí)人員一樣，但毛人鳳堅(jiān)持，他們不能在保密局內(nèi)辦公，要另外安置，安排了嚴(yán)密的警衛(wèi)，以防中*共地下工作者處決叛徒。蔡三人非常不高興，抗議說：“我們已經(jīng)自新了，還監(jiān)視我們干什么？”國(guó)民檔只好撤走警衛(wèi)，每人配兩條德國(guó)大狼婪。當(dāng)時(shí)臺(tái)灣經(jīng)濟(jì)不佳，而這些狼婪要吃牛肉，每月所耗，相當(dāng)于一個(gè)少校的薪水。

　　蔡孝乾后任國(guó)民檔中央國(guó)防部保密局設(shè)計(jì)委員會(huì)委員。1956年任職于國(guó)防部情報(bào)局“匪情研究室”，后升任該室少將軍銜副主任兼司法行政部調(diào)查局副局長(zhǎng)。他的《毛澤東軍事思想研究》，在1970年前已被翻譯成數(shù)國(guó)文字。

　　1968年以來，他以“江西蘇區(qū)回憶”和“紅軍西竄回憶”為主題，撰寫了24篇文章，連載于臺(tái)灣《中*共研究》雜志，1970年匯編成冊(cè)，命名為《江西蘇區(qū)紅軍西竄回憶》，分別在臺(tái)灣、香港發(fā)行。1982年10月，蔡孝乾病逝于臺(tái)北，終年74歲。他和馬雯娟育有一子蔡艾安。