由于嘉靖皇帝一心求長不老術(shù),國家興衰得失,他全不管。有個淳安知縣海瑞,剛被升任戶部主事,他見嘉靖帝如此行徑,就買好了自己的棺木,訣別妻兒,遣散家僮,寫了《直言天下第一事疏》,上疏死諫,嘉靖執(zhí)迷不悟,仍將海端逮捕入獄。
由于長期服用丹藥,嘉靖皇帝不光身體越來越差,而且脾氣越來越壞,許多大臣動輒被殺頭或廷杖,人人自危。大明嘉靖四十五年十二月,這位醮齋皇帝走完了他的人生道路,將皇位傳給了他的第三個兒子裕王朱載垕。
大明嘉靖四十五年(1566年)卒,謚欽天履道英毅圣神宣文廣武洪仁大孝肅皇帝。廟號世宗。葬北京昌平永陵。