明朝嘉靖年間重錄《永樂大典》后，有關(guān)大典的記載就很少見了，特別是永樂正本的下落更是人云亦云、變得撲朔迷離。有人認(rèn)為大典正本毀于戰(zhàn)亂或火災(zāi)，早已蕩然無存。有人卻認(rèn)定大典應(yīng)該是被殉葬了，還有重現(xiàn)于世的希望，要不然怎么會突然間杳無音訊的呢?以歷史記載詳實而著稱的中國，怎么會連這樣大的一部重要典籍的下落都沒有記載呢?實在匪夷所思!正本究竟遭受了何等命運?如何亡佚的?至今還是歷史上的一大懸案。
毀于明末說
根據(jù)史書.記載，永樂年間曾經(jīng)考慮例將新編就的《永樂大典》付梓，但因工費浩繁而罷。嘉靖副本重錄30年后，又有南京國子祭酒陸可教曾上書建議刊刻大典，因為同樣的原因未被采納。更有太史令李維楨批評《大典》“冗濫可厭，殊不足觀”，說明在明朝萬歷年間，《永樂大典》仍然存世�？傻搅嗣髂�，學(xué)者談遷和顧炎武卻認(rèn)為大典在萬歷末年間就毀于大火了。熟悉明末宮闈舊事的宦官劉若愚寫的《酌中志》也說：“舊《永樂大典》二部，今又見貯于何處也?”真是一點線索也沒有。所以《四庫全書總目》就下了個結(jié)論，說“明祚既傾，南京原本和皇史宬副本并毀”，還說嘉靖錄副時，實際上是抄了正、副二本，錄副后，永樂原本歸還南京去了，一并毀于明末戰(zhàn)亂。這些說法看來并沒有明確的歷史依據(jù)。
毀于嘉慶乾清宮大火說
清朝康熙年間，學(xué)者徐乾學(xué)和高士奇等人在皇史宬中發(fā)現(xiàn)了《永樂大典》副本，已有殘缺。雍正間，這部副本被運到翰林院保存了起來。學(xué)者全祖望猜測永樂正本應(yīng)該還在乾清宮中，希望能用正本來配補遺失的副本。清末的繆荃孫也執(zhí)相同看法，并且明確說，正本是在嘉慶年間乾清宮大火中被焚毀了�？墒乔￠g編纂《天祿琳瑯書目》時并沒有記載正本的存在。而且乾隆皇帝在編纂《四庫全書》時，還尋找過丟失的副本，負(fù)責(zé)輯佚《永樂大典》的館臣們也沒有見過正本。所以正本毀于乾清宮大火的說法應(yīng)該是靠不住的。
殉葬說
20世紀(jì)60年代，位于北京十三陵的明神宗(萬歷皇帝)的陵墓定陵的大門被緩緩打開。定陵的挖掘是當(dāng)時考古界和史學(xué)界的一件大事，報刊一時紛紛報道。但定陵的挖掘還有著一層不為人所知的背景，就是以郭沫若為首的一些史學(xué)家論證《永樂大典》的正本被殉葬在定陵中，結(jié)果當(dāng)然讓人有些失望。可是《永樂大典》殉葬說卻被很多學(xué)者所采納，他們從最喜愛《永樂大典》的明世宗的下葬時間和《永樂大典》錄副的進(jìn)度來比較，以及從《永樂大典》正本突然失蹤的情況來判斷，猜測《永樂大典》的正本極有可能是殉葬在明世宗的陵墓──永陵中去了。殉葬說并不意味著我們尚可以找到完整無損的《永樂大典》正本，可是這部資料價值極高而又歷經(jīng)磨難的類書的命運又一次牽動了人們的神經(jīng)，而被廣泛地關(guān)注和報道�！队罉反蟮洹返拿\已經(jīng)成為人們心中永遠(yuǎn)解不開的結(jié)。
不知從什么時候起，流傳一種說法，說嘉靖皇帝將一部永樂大典入藏在他的陵墓里。還有一個更著名的說法，說永樂皇帝本人也陪葬了一部。將兩種說法比較，后者稍微還可信些，畢竟永樂大典是以永樂帝的年號命名，是永樂帝最重要的“文功”，他帶走一部陪葬，在地下閑來無事翻翻，回憶一下生前的王者榮耀，倒也情有可原。要說嘉靖帝入葬一套，就沒有道理了。
嘉靖帝確實很重視這部書，所以他在位時，組織人抄寫了一正一副兩部，分別珍藏，目的是防止火災(zāi)或其他什么事故，書一下子全毀了。這也是他為保存文化所做的貢獻(xiàn)，但憑什么證明，他竟癡迷于這部書，死了還舍不得，一定要帶走一部？嘉靖皇帝大半生癡迷的，是齋醮修煉、服食丹藥，大典里修仙飛升、長生不老的內(nèi)容，他可能很感興趣，甚至可能把相關(guān)內(nèi)容摘出來學(xué)習(xí)（大典本來就是類書，是按知識分類抄寫的書，很像當(dāng)代的詞典），他怎么會有興趣把所有的書都帶走？