萬歷十一年正月，南京刑科給事中阮子孝又上疏彈核張居正“各子濫登科第，乞行罷斥”。這時(shí)張四維上疏代辯，說“居正諸子所習(xí)舉業(yè)，委俱可進(jìn)。惟其兩科連中三人，又皆占居高第，故為士論所嫉，謗議失實(shí)”。神宗批文：“都教革了職為民”。羊可立彈核張構(gòu)陷遼王朱憲?，同時(shí)遼妃上書為遼王辯冤，并說遼府家產(chǎn)無數(shù)，全入張家。
於是萬歷皇帝下令籍其家，一些老弱婦孺因?yàn)閬聿患巴顺霰环忾]于張府，餓死十七口，其中有三名嬰兒。
抄家時(shí)逼死張居正子張敬修、張懋修。長(zhǎng)子張敬修不堪嚴(yán)刑逼供之重負(fù)，在寫下一份“丘侍郎、任巡按，活閻王！你也有父母妻子之念……何忍陷人如此酷烈”“有便，告知山西蒲州相公張鳳盤，今張家事已完結(jié)矣，愿他輔佐圣明天子于億萬年也！”血書之后自縊身亡；三子張懋修投井自殺未遂，又絕食未果。
潘季馴看不下去，上疏皇帝說，“治居正獄太急”，“至於奄奄待斃之老母，煢煢無倚之諸孤，行道之人皆為憐憫。”皇帝看了不高興。后被御史李植核以檔庇張居正，落職為民。
在“奪情”事件中得罪張居正而受到排擠的于慎行曾給辦案的邱瞬寫信：“當(dāng)其柄政，舉朝爭(zhēng)頌其功而不敢言其過，今日既敗，舉朝爭(zhēng)索其罪而不敢言其功，皆非情實(shí)也。”
薊州總兵戚繼光調(diào)任廣東任總兵，不久貧困而死。內(nèi)閣大學(xué)士許國(guó)連上三疏求去，說：“昔日顛倒是非在小人，今乃在君子（言官），檔同伐異，罔上行私。”
皇帝迫于物議，恩準(zhǔn)給張家留空宅一所，田十頃養(yǎng)張老太太趙氏，餘子皆充軍。一年后趙氏在悲傷中死去。李植以及江東之、羊可立三人，以“盡忠言事，揭發(fā)大奸有功”，分別晉升為太仆寺少卿、光祿寺少卿和尚寶司少卿。
張居正至天啟時(shí)方恢復(fù)名譽(yù)。崇禎朝“撫髀思江陵，而后知得庸相百，不若得救時(shí)相一也”，為張居正徹底平反。識(shí)者感慨其“功在社稷，過在身家”。《明史》評(píng)價(jià)他功在江陵，張居正故宅有題詩云：“恩怨盡時(shí)方論定，封疆危日見才難。”
張居正著有《張?zhí)兰�、《書�?jīng)直解》等，后世則把他所有的著作編入《張文忠公全集》。
萬歷晚年還恨張居正嗎？
萬歷繼位時(shí)才10歲，國(guó)家大事上都是張居正等人把持，而讓萬歷以讀書為主，身為帝師，張居正對(duì)皇帝要求極為嚴(yán)格。因此，小皇帝從小就對(duì)張居正懷著一份敬畏之情，還有些許的懼怕，但是隨著年齡的增長(zhǎng)，他們之間的關(guān)系發(fā)生了微妙的變化。尤其是萬歷六年（1578年）發(fā)生的一件事情徹底改變了萬歷皇帝對(duì)張居正的看法。
由于管教極嚴(yán)，萬歷皇帝對(duì)李太后充滿敬畏。萬歷六年（1578年），母子間曾發(fā)生過一次極為嚴(yán)重的沖突。其時(shí)，萬歷皇帝新婚不久，李太后便離開乾清宮，搬回慈寧宮居住。離開了母親的監(jiān)護(hù)，萬歷皇帝有一種如釋重負(fù)的感覺，便在太監(jiān)的唆使下，做一些往常不敢做的事情。一次夜游西城，貼身侍應(yīng)太監(jiān)孫海為其找來兩位年輕貌美的宮女陪酒。喝得半醉時(shí)，萬歷皇帝要這兩位宮女唱時(shí)令新曲。所謂時(shí)令新曲，類似于今天的流行歌曲，但明代坊間的曲子，語頗輕佻，與時(shí)下東北民間的二人轉(zhuǎn)，庶幾近之。兩位宮女說不會(huì)唱，孫海在一旁慫恿，宮女仍堅(jiān)持不唱，萬歷皇帝因此大怒，喝令推出斬首。經(jīng)孫海提醒，萬歷皇帝這才醒悟殺人不是好玩的事情，于是改為削發(fā)代替斬首。
第二天，李太后知道了這件事情，找來那兩位驚魂未定花容失色的宮女，問明事情原委，頓時(shí)大怒。她跑到奉先殿祭告亡夫，竟然作出撤銷萬歷皇帝的九五至尊地位的決定，改讓潞王繼承皇位。
乍一聽到這個(gè)消息，朱翊鈞嚇得三魂出竅，六魄離身。他跑到李太后面前長(zhǎng)跪不起，乞求得到寬恕，并保證悔過自新。李太后在陳太后的一再勸說下，終于松了口氣，但仍堅(jiān)持說:“能不能留你，要看張先生的態(tài)度。”張居正在李太后的授意下，寫了一道勸誡皇上“慎起居”的奏疏�！睹魇防钐髠鳌分姓f張居正“具疏切諫”，過幾天，張居正又遵李太后的懿旨，替萬歷皇帝代草“罪己詔”頒示天下，此場(chǎng)風(fēng)波才告平息。